Indexación
Anales del Jardín Botánico de Madrid está indizada en Web of Science: Journal Citation Reports (JCR), Science Citation Index Expanded (SCI), Current Contents - Agriculture, Biology & Environmental Sciences y BIOSIS Previews; SCOPUS, CWTS Leiden Ranking (Journal indicators) Core publication, Agricola, Agris, Aquatic Science & Fisheries Abstracts, Biosis Toxicology, Biological Abstracts, Cab Abstracts, Csa Life Sciences, Global Health, REDIB, DOAJ, Pascal, Dialnet, Sherpa Romeo e ÍnDICEs CSIC. Está incluida en el Catálogo Latindex 2.0 y cuenta con el Sello de Calidad de la FECYT.
La revista envía información sobre las nuevas especies publicadas para que sean incluidas en las bases de datos TROPICOS (plantas vasculares, briófitos), International Plant Name Index o IndexFungorum.